L'un des principaux reproches, fait habituellement à Linux, était sans aucun doute le manque de logiciels adaptés au grand public ; mais celui-ci s'estompe de plus en plus ; Aujourd'hui de nombreux logiciels sont disponibles sous cette plate-forme, des logiciels de bureautiques tels que StarOffice édité par StarDivision, WordPerfect 8.0 de Corel et ApplixWare, un navigateur Internet avec Netscape Communicator, des logiciels de dessin tels que The Gimp. Tous ces logiciels sont considérés comme d'excellents produits étant l'égal des différents produits connus sous Windows.
De plus de grands éditeurs de logiciels portent aujourd'hui leur produit sous Linux, IBM avec sa base de données DB2 et sa dictée vocale ViaVoice, Corel avec le portage de WordPerfect.
L'avantage de ces versions Linux est qu'elles sont, pour la plupart, gratuites  tout en étant l'égal de leur version sous Windows.